Ekološko stanje voda vrednotimo na podlagi rednega, sistematičnega monitoringa vrstne sestave in številčnosti bioloških elementov kakovosti: pritrjenih alg (fitobentos, makroalge), planktonskih alg (fitoplankton), višjih vodnih rastlin (makrofiti), bentoških nevretenčarjev in rib. S spremljanjem osnovnih fizikalno-kemijskih parametrov, posebnih onesnaževal in hidromorfoloških elementov spremljamo tudi stanje njihovega življenjskega okolja. Podatki letnega monitoringa ekološkega stanja voda so podlaga za obdobne ocene ekološkega stanja voda, ki kot del načrtov upravljanja voda predstavljajo osnovo za opredelitev ciljev in ukrepov za doseganje dobrega stanja voda in preprečevanje slabšanja stanja.

Projekt Eco-AlpsWater je v prvi vrsti namenjen primerjavi in nadgradnji tradicionalnih načinov vrednotenja ekološkega stanja v jezerih in vodotokih za biološka elementa fitoplankton in fitobentos, ki se izvajajo v okviru rednega dela na ARSO, z novodobnimi genetskimi pristopi, za katere se predvideva, da bodo v prihodnosti lahko nadgradili oz. morda celo nadomestili zamudne in taksonomsko manj precizne tradicionalne metode. Genetski pristop vrednotenja ekološkega stanja v primerjavi s tradicionalnim taksonomskim pristopom pomeni večjo natančnost in zanesljivost pri določanju ekološkega stanja, poleg tega pa tudi znatno poenostavitev vzorčenja in analiz, kar je tako časovno kot tudi ekonomsko bolj upravičeno.

Projekt Eco-AlpsWater sofinincira Evropska unija iz Evropskega sklada za regionalni razvoj. Projekt se izjava v okviru INTERREG Programa transnacionalnega sodelovanje Območje Alps z obdobje 2014-2020.